1.sıra numaralı Elektronik Defter Genel Tebliğ’de elektronik ortamda oluşturulan e-defterlerin her firmanın kendi bilgi işlem sistemlerinde saklanması zorunludur. Alternatif olarak e-defter saklama hizmeti sağlayan entegratör firmalarda da saklanabilir.

Kendi imkanları ile e-Defter saklayan mükelleflerin; yetersiz güvenlik duvarları, virüsler, fiziksel şartlar ve siber saldırılar nedeni ile e-Defterlerinde herhangi bir harf değişikliği dahi olsa e-Defter Beratları bozulur.

E-Defter teftişlerinde orijinal gönderilen ve GİB’den onaylayan beratlar üzerindeki imza değeri, teftiş esnasında alınan beratların imza değerinden farklı olursa e-Defterlerin geçmişe yönelik yönelik incelenme sebebidir.